
研究生马修Verosloff当他在河边倾斜他的身体时,一只手臂悬挂在河边。他的自由臂与试管伸出杆,以收集水样。他在哥斯达黎加逃离了芝加哥的寒冷寒冷。这是阳光明媚的,这是温暖的,他应该在度假,但他的实验室工作以某种方式跟随他的距离。一个图纸设备的盒子躺在附近的地面上,附近包含用于测试水质的工具。
哥斯达黎加的卡塔哥的水不安全,特别是多年来一直不安全。它含有太多的氟化物,会损坏牙齿和骨头。这种效应被称为氟中毒。在美国,我们很少有时间去担心这种可能性,因为我们的情况正好相反:在我们的自来水中添加氟化物,据说是为了改善我们的牙齿卫生。在卡塔哥,Verosloff正在用实验室设计的生物工具测试水质朱利叶斯挚来检测www.18luck.inf和报告水中的污染物。这些工具被恰如其分地命名为生物传感器。它们作为一种生物反应存在于一个试管中,只需要一滴水就可以激活。它们便宜、快速、易于使用,拉克斯实验室设计了一种用于检测不安全的氟化物含量。
Verosloff从河里加入一滴水到试管中。不到一个小时,反应就会对水中的氟化物产生反应,变成黄色。
测试工作。
这些反应使用的创新成分是称为RNA的生物分子。虽然DNA的四个构建块分子连接成两个单独的长股,但是像扭曲的拉链一样,RNA仅由这些股线中的一种。代替DNA形式的有组织和可预测的扭曲,单链RNA具有柔韧性折叠成更难以预测的结构的复杂缠结。一些RNA可以折叠成核糖开关的结构:RNA(代表核糖核酸)和“-Switch”,因为它可以打开或关闭基因。结构折叠的方式创造了一个口袋,这是特定分子适合的完美匹配。氟化物生物传感器使用拟合氟分子形状的riboswitch。
然后有“切换”部分。
生物学在细菌中将这种riboswitch进化为防御机制。当细菌中有氟化物时,它适合它匹配的riboswitch结构。一旦它配合,RNA就会通过“切换”在基因上进行响应。具体而言,它切换对控制细菌泵泵的基因。其他运气实验室的其他成员,亚当银人和沃尔特Thavarajah他们从生物学中借用了这种RNA,并做了一个小小的调整。他们没有启动氟化物泵的基因,而是工程氟化物核糖体开启基因,产生黄色蛋白质。当你看到黄色的时候,核糖体开关已经感觉到并对氟化物做出了反应。
开发利用核糖开关在实验室之外应用的工具是令人兴奋的进展,但仍有很多有待了解。除了氟化物核糖开关外,还有遍布细菌各处的天然核糖开关。它们中有多少能起作用,比如它们如何通过折叠来感知特定的分子,以及它们如何开启基因,在很多方面仍然是个谜。
在美国西北大学(Northwestern University)的拉克斯实验室(Lucks www.18luck.inflab)熟悉的围墙内我自己的研究,我试图理解核糖开关工作的特性。它们复杂的结构和折叠方式可能会让你觉得它们是一团乱麻,就像你从口袋里拿出耳机时打结的样子。但随着我们研究的深入,我们意识到它们远不像最初看起来那样混乱和随机。RNA的折叠是有顺序的,某种潜在的模式,生物学花了数百万年的时间进化来完成它需要做的事情。在这个过程中,我们了解到的关于如何设计基于rna的生物传感器的细节也是我们正在拼凑的小拼图,以揭示生物学中这种模式是如何工作的更大的图景。我们可以从这一知识中学习,尝试设计更好、更多功能的RNA生物传感器,以探测氟之外的东西。
除了收集水样,拉克斯实验室通常以可预测的方式进行我们的日常活动。我们来到实验室,戴上手套,拿上移液管,开始下一个项目。弄清楚一个新的核糖开关是如何工作的?设计一个新的生物传感器?一切都始于一管RNA。
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